Рейтинг университетов (проводимый каждые пол года Webometrics, опубликованный по состоянию на январь 2020 года) показал, что Комратский государственный университет находится на 11 месте среди ВУЗов Молдовы (всего в рейтинге 26 университетов Молдовы) и на 15098 месте в мировом рейтинге (в рейтинге 28000 университетов стран мира). Так на январь 2019 года КГУ находился на 12 месте среди ВУЗов Молдовы и на 16369 месте в мире; а на январь 2018 года на 12 месте в Молдове и 16124 месте в мире.